Źródłem zanieczyszczeń zbiorników są rzeki zasilające je, a także spływy powierzchniowe ze zlewni bezpośredniej. Badania kontrolne zbiorników zaporowych przeprowadzone w 1997 roku wykazały, że w porównaniu z rokiem 1996 w większości z nich jakość wód pogorszyła się, a tylko w nielicznych jest bez zmian lub uległa nieznacznej poprawie. 
O pozaklasowym stanie czystości wód decydowały najczęściej azotyny, odczyn, zawiesina i miano Coli. 

Analizując poszczególne serie badań minionego roku stwierdzono jesienią poprawę stanu czystości wód (wskaźniki fizyko-chemiczne i bakteriologiczne) w zbiornikach: Chańcza, Kielce, Suchedniów. W zbiornikach Borków i Brody nastąpiła poprawa pod względem fizyko-chemicznym, ale pogorszenie stanu sanitarnego wód. Żadnych zmian nie odnotowano w przypadku zbiorników Pińczów i Lubianka, a pogorszenie w zbiorniku Rejów (fizyko-chemicznie i bakteriologicznie). W Sielpi pogorszeniu uległa jakość wód pod względem fizyko-chemicznym, a w Wojciechowie poprawił stan sanitarny. Jak z tego wynika, mająca miejsce w lipcu 1997 roku, powódź w woj. kieleckim nie wpłynęła zdecydowanie na zmianę stanu czystości wód zbiorników zaporowych