Badania hydrobiologiczne rzek obejmowały oznaczenia chlorofilu „a” i indeksu saprobowości. Podobnie jak w latach ubiegłych badania te prowadzone były w 16 ppk monitoringu podstawowego (z częstotliwością 1 x w m-cu) i 28 ppk monitoringu regionalnego (z częstotliwością 1 x  w kwartale). Na całej długości kontrolowano Kamienną i Nidę z Białą Nidą, a pozostałe rzeki tylko w punktach ujściowych 

. Z uwagi na zbyt małą ilość pomiarów wyniki hydrobiologiczne nie decydowały o klasie czystości rzek i nie miały wpływu na ocenę ogólną. Indeks saprobowości w ppk monitoringu podstawowego obliczany był na podstawie analiz biosestonu, a w ppk monitoringu regionalnego - sestonu i peryfitonu.W badanych punktach indeks saprobowości osiągał wartości od 2,0 do 3,03, czyli klasę II (strefa beta-mezosaprobowa) i III (strefa alfa-mezosaprobowa). Stężenia chlorofilu  „a” - wskaźnika koncentracji biomasy fitoplanktonu w większości punktów odpowiadały I i II klasie czystości, sporadycznie III i non. Najwyższe, ponadnormatywne wartości chlorofilu „a” występowały wiosną (kwiecień, maj) w Kamiennej na odcinku od Nietuliska do ujścia, Szewniance - ppk Ostrowiec Św., w Kamionce - ppk Bzin, i Nidzie - ppk Nowy Korczyn.